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La actual plaza de Isabel II era en el medievo un barranco arenoso conocido como El Arenal, por el que discurría un arroyo y varios arroyuelos, donde había unas curtidurías, y donde se creó una fuente con varios caños conocida como fuente de los Caños del Peral.
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En el siglo XVII se entubó el arroyo del Arenal para trazar la calle del mismo nombre, se crearon unos lavaderos para lavar la ropa, donde hoy está el Teatro Real, y se construyó un pequeño acueducto para el viaje de aguas de Amaniel que surtía al Alcázar Real.
El el siglo XIX se trajo una gran cantidad de arena para rellenar esta hondonada y nivelar la plaza con las calles adyacentes y con el teatro de la Ópera. Los restos de la fuente y de los canales quedaron sepultados bajo ocho metros de tierra.
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Estos restos se han musealizado recientemente y se pueden ver desde la propia estación de metro de Ópera.
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A comienzos del siglo XVIII se construyó un primer teatro de la Ópera, conocido como teatro de los Caños del Peral, y en 1850 la reina Isabel inauguró el gran teatro que tenemos hoy.
En el centro de la plaza se colocó una estatua la reina, obra de José Piquer.
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Desde entonces la plaza tuvo un jardín, que sufrió varias reducciones y que quedó en una presencia verde simbólica cuando en el siglo XX se hizo la estación de metro.
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En 2011 se completó la última reforma de la plaza en la que se ha ganado una gran extensión de espacio peatonal, y a diferencia de algunas plazas duras y desérticas como la de Callao, aquí se pusieron bancos para sentarse, un refrescante para beber y se plantaron toda una serie de perales como recuerdo del árbol frutal que dio nombre a estos parajes.
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Hoy por hoy, la Plaza de Isabel II, junto con la plaza de Oriente, gracias a las reformas efectuadas, son espacios agradables para el encuentro y el paseo.